{"id":226,"date":"2016-09-27T09:47:03","date_gmt":"2016-09-27T07:47:03","guid":{"rendered":"http:\/\/biodiv.iptpo.hr\/?page_id=226"},"modified":"2016-12-19T23:13:53","modified_gmt":"2016-12-19T22:13:53","slug":"aktivnosti","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/?page_id=226&lang=hr","title":{"rendered":"Aktivnosti"},"content":{"rendered":"

Aktivnosti<\/h1>\n<\/div>
<\/div>
<\/div><\/div>
<\/div><\/div><\/div>
<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div>

 <\/p>\n

Glavne aktivnosti Znanstvenog centra izvrsnosti za bioraznolikost i molekularno oplemenjivanje bilja su sljede\u0107e:<\/p>\n

(1) O\u010duvanje biljnih genetskih izvora<\/strong><\/a><\/p>\n

U posljednjih je pet desetlje\u0107a ulo\u017eeno znatno truda u o\u010duvanju biljnih genetskih izvora u Hrvatskoj. Nacionalni program o\u010duvanja i odr\u017eive uporabe biljnih genetskih izvora za hranu i poljoprivredu obuhva\u0107a brojne aktivnosti kao \u0161to su prikupljanje kao i opis, odr\u017eavanje i regeneracija primki. No, zbog ograni\u010denog prora\u010duna i brojnosti kolekcija, financijska sredstva su nedostatna za procjenu vrijednosti primki na agronomskoj, biokemijskoj i genetskoj razini. Stoga je i upotreba prikupljenih biljnih genetskih izvora u oplemenjiva\u010dkim programima ograni\u010dena. Namjera Znanstvenog centra izvrnosti jest uspostava \u010dvstih veza izme\u0111u kolekcija biljnih genetskih izvora, znanstvenih-istra\u017eiva\u010dkih projekata i oplemenjiva\u010dkih programa.<\/p>\n

Glavni su ciljevi sljede\u0107i:<\/p>\n

1. Detaljan opis i procjena biljnih genetskih izvora, te<\/p>\n

2. Pove\u0107anje dobiti koja proizlazi iz upotrebe biljnih genetskih izvora za hranu i poljoprivredu.<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div>


\n(2) Fenotipizacija<\/a><\/strong><\/p>\n

Fenotipizacija biljaka predstavlja jedno od najva\u017enijih uskih grla u podru\u010dju biljnih znanosti i oplemenjivanja bilja, a daljnji napredak zahtijeva interdisciplinarni pristup i integraciju aktivnosti iz podru\u010dja kao \u0161to su fiziologija bilja, senzorika i bionformatika. Postignuti napredak u visoko-propusnoj i visoko-definifiraju\u0107oj genotipizaciji biljaka omogu\u0107ili su dobivanje genomskih informacija u vrlo kratkom roku i po razumnim tro\u0161kovima \u0161to je u kona\u010dnici omogu\u0107io razvitak i analizu velikog broja kartiraju\u0107ih populacija i inbred linija za fenotipizaciju. Me\u0111utim, razumijevanje veze izme\u0111u genotipa i fenotipa napreduje vrlo sporo jer ograni\u010denja koja postoje u fenotipizaciji biljaka umanjuju na\u0161e mogu\u0107nosti u ra\u0161\u010dlanjivanju nasljednosti i genetske arhitekture kvantitativnih svojstava. Poznato je da heterogenost u polju i nemogu\u0107nost kontrole klimatskih \u010dimbenika ote\u017eavaju integraretaciju dobivenih informacija. S druge strane, informacije dobivene u kontroliranim uvjetima te\u0161ko su usporedive s onima u polju jer se uvjeti ovakvog uzgoja i rasta biljaka uvelike razlikuju od onih u polju. No, bez u\u010dinkovitih platformi i metoda za brzu, visoko-propusnu, jednostavnu i jeftinu fenotipizaciju nije mogu\u0107e ni bolje biolo\u0161ko razumijevanje veze izme\u0111u genotipa i fenotipa, a niti daljnje pove\u0107anje stope genetske dobiti u oplemenjivanju bilja.<\/p>\n

Za o\u010dekivati je da \u0107e budu\u0107i pomaci u fenotipizaciji biti usmjereni na pove\u0107anje njihove preciznosti i piramidalizaciju informacija sa svih razina (razli\u010dita svojstva mjerena u razli\u010ditom vremenu i varijabilnom prostoru, okolinske i genomske informacije). Pored kori\u0161tenja razli\u010ditih ure\u0111aja za fenotipizaciju razli\u010ditih svojstava od interesa i eksperimentalnih planova s ciljem kontrole heterogenosti u polju nu\u017ena je odgovaraju\u0107a integracija razli\u010ditih tipova podataka i njihova jednostavna, brza i robustna statisti\u010dka analiza.<\/p>\n

\u00a0Glavni su ciljevi sljede\u0107i:<\/p>\n

1. Identificirati i analizirati klju\u010dna svojstva biljnih vrsta pomo\u0107u poljskih pokusa i laboratorijskih analiza,<\/p>\n

2. Optimizirati protokole fenotipskih analiza, te uvesti dobru laboratorijske prakse od planiranja pokusa do interpretacije rezultata,<\/p>\n

3. Uspostaviti vezu s klju\u010dnim ustanovama u EU koje posjeduju infrastrukturu za visoko-propusne fenotipske platforme, te<\/p>\n

4. Usporediti rezultate iz pokusa u kontroliranim okolinama s visoko propusnih fenotipskih platformi s onim iz poljskih pokusa s ciljem procjene u\u010dinaka genotipa (G), okoline (E) i njihove interakcije (GxE).<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div>

(3) Genotipizacija<\/strong><\/a><\/p>\n

Tehnike genotipizacije su drasti\u010dno uznapredovale posljednjeg, iako i dalje postoje razlike u razvoju postupaka genotipizacije me\u0111u pojedinim biljnim vrstama. Genotipizacija visoke propusnosti je revolucionalizirala istra\u017eivanja na podru\u010dju genetike analizom genoma visoke rezolucije pri \u010demu je do\u0161lo do promjena sustava biljega, od mikrosatelitnih (SSR) prema sustavima DArT i SNP. Mikrosatelitnih biljezi su kori\u0161teni uglavnom u procjenama raznolikosti i genetske strukture populacija kod ve\u0107eg broja biljnih vrsta. Tradicionalna metoda razvoja mikrosatelitnih biljega zahtijeva znatna financijska sredstava, no oni se i dalje koriste u ve\u0107ini laboratorija diljem svijeta. Laboratoriji za genotipizaciju u Hrvatskoj tako\u0111er koriste uglavnom mikrosatelitnine biljege kao tehni\u010dki nezahtjevni sustav biljega. Hrvatski laboratoriji nisu me\u0111usobno povezani i ne postoji kontinuirana suradnja me\u0111u njima pri \u010demu nisu poznati njihove snage, slabosti, prilike i prijetnje.<\/p>\n

Za razliku od drugih sustava biljega (uklju\u010duju\u0107i mikrosatelitne biljege), biljezi SNP su manje radno i vremenski intenzivni pri \u010demu manji tro\u0161kovi dopu\u0161taju izvo\u0111enje genotipizaciju visoke propusnosti. Biljezi SNP su dvoalelni, sadr\u017eavaju manje genetskih informacija od vi\u0161ealelnih mikrosatelitnih biljega, no pojavljuju se u puno ve\u0107oj gusto\u0107i u genomu i imaju zna\u010dajno ni\u017eu stopu pogre\u0161ke pri genotipizaciji. U posljednje vrijeme, biljezi SNP se koriste za konstrukciju \u010dipova za genotipizaciju koji sadr\u017eavaju tisu\u0107e ili nekoliko desetaka tisu\u0107a biljega raspore\u0111enih po cijelom genomu za analizu velikog broja uzoraka. \u010cipovi SNP omogu\u0107uju analizu povezanosti izme\u0111u biljega i fenotipa pedstavljaju\u0107i mo\u0107ni alat za razlu\u010divanje slo\u017eenih svojstava pomo\u0107u analize povezanosti na sveukupnom genomu (genome-wide association study; GWAS), analize lokusa za kvantitativnih svojstava (quantitatative trait loci; QTL) kao i precizno kartiranje gena koje se koriste u oplemenjivanju bilja za identifikaciju biljnih genetskih izvora kao i odabir pomo\u0107u biljega (marker-assisted selection; MAS). Iako je genotipizacija upotrebom \u010dipova postala referentna metoda, novija metoda genotipizacije sekvenciranjem (genotyping by sequencing; GBS) omogu\u0107uje jo\u0161 ve\u0107u propusnost, a sekvenciranje kratkih sljedova osigurava genotipizaciju sa smanjenim tro\u0161kovima i znatno ve\u0107om koli\u010dinom genotipskih informacija. Posljednjih se godina pojavilo vi\u0161e platformi za genotipizaciju poljoprivrednih biljnih vrsta koje su razvijene u EU i SAD na osnovi tehnologije upotrebom \u010dipova ili genotipizacije sekvenciranjem nude\u0107i pouzdana rje\u0161enja za genotipizaciju visoke propusnosti za analizu bioraznolikosti i za molekularno oplemenjivanje bilja.<\/p>\n

Glavni su ciljevi sljede\u0107i:<\/p>\n

1. Optimizirati protokole genotipizacije uvo\u0111enjem zajedni\u010dkih standardnih laboratorijskih i analiti\u010dkih postupaka,<\/p>\n

2. Povezati se s najva\u017enijim laboratorijima za genotipizaciju u EU koji osmi\u0161ljavaju i razvijaju najnaprednije platforme za genotipizaciju, te<\/p>\n

3. Procijeniti, usporediti i izabrati nove platforme za genotipizaciju koje \u0107e u kona\u010dnici biti rutinski kori\u0161tene na svim biljnim vrstama ovisno o ciljevima istra\u017eivanja.<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div>

(4) Bioinformatika<\/strong><\/a><\/p>\n

U pro\u0161losti je uobi\u010dajena strategija za rje\u0161avanje problema obrade velikih koli\u010dina podataka bila nabava sna\u017enih poslu\u017eitelja visokih ra\u010dunalnih performansi. Kako zbog ubrzanog razvoja tehnologije i natprosje\u010dno sna\u017ena ra\u010dunala sve br\u017ee zastarjevaju, ovaj se pristup napu\u0161ta u korist razvoja ra\u010dunalnih klastera. Naime, povezivanjem velikog broja ra\u010dunala, \u010dak i ukoliko se radi o komercijalno dobavljivim ra\u010dunalima sasvim prosje\u010dnih sposobnosti, mogu\u0107e je izgraditi klaster \u010dije performanse znatno nadilaze mogu\u0107nosti jedinstvenog vi\u0161eprocesorskog ra\u010dunala. Kontinuirani ubrzani razvoj tehnologije u molekularnoj genetici uzrok je \u010destih promjena pristupa istra\u017eivanjima u podru\u010dju biotehni\u010dkih znanosti. Izme\u0111u ostalog, razvojem novih tehnologija ubrzava se i generiranje podataka, te tako postavljaju izazovi u smislu kontrole kvalitete i analize skupova koji sadr\u017ee velike koli\u010dine podataka. Ispunjavanje ovih, stalno rastu\u0107ih potreba, zahtjeva primjenu robusnih i u\u010dinkovitih statisti\u010dkih alata, koji se odlikuju malim utro\u0161kom procesorskog vremena. Uslijed rasta koli\u010dina analiziranih podataka i primjene sve slo\u017eenijih metoda statisti\u010dke analize, tijekom rada na ranijim projektima smo morali pokretate neke zahtjevnije ra\u010dunalne aplikacije isprva na \u201estatisti\u010dkom\u201c serveru Sveu\u010dili\u0161ta u Zagrebu Agronomskog fakulteta, a odnedavna na ra\u010dunalnom klasteru \u201eIsabella\u201c, smje\u0161tenom u Sveu\u010dili\u0161nom ra\u010dunskom centru (SRCE). U svrhu ostvarivanja uspje\u0161ne suradnje izme\u0111u pet odvojenih ustanova, dislocirani resursi povezat \u0107e se uspostavom zajedni\u010dkog repozitorija za pohranu podataka i razmjenu informacija. Za daljnje pobolj\u0161anja komunikacije i razmjene informacija, potrebno je razviti su\u010delje prilago\u0111eno korisnicima za lak\u0161i pristup podatcima i rezultatima analiza. Glavna platforma za obradu podataka bit \u0107e klaster \u201eIsabella\u201c, \u010dija dostupnost i kontinuirana nadogradnja u potpunosti pokrivaju potrebe projekta.<\/p>\n

Glavni su ciljevi sljede\u0107i:<\/p>\n

1. Uspostavljanje \u201eoblaka\u201c za pohranu kao zajedni\u010dkog repozitorija za prikupljanje podataka i razmjenu informacija izme\u0111u pet institucija uklju\u010denih u projekt,<\/p>\n

2. Preseljenje procesa upravljanja podatcima i analize podataka s osobnih ra\u010dunala i poslu\u017eitelja na ra\u010dunalne klastere, kao odgovor na rastu\u0107e zahtjeve za ra\u010dunalnom resursima pri obradi velikih koli\u010dina podataka, te<\/p>\n

3. Primjena novih pristupa u statisti\u010dkoj analizi podataka.<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div>

(5) Diseminacija<\/strong><\/a><\/p>\n

Cilj ove radne skupine je predstaviti aktivnosti ZCI znanstvenoj zajednici te ostalim zainteresiranim skupinama. Kako bi se planirane aktivnosti predstavile javnosti koristiti \u0107e se razli\u010diti kanali komunikacijske. Partneri koji sudjeluju u ZCI predstavljaju multidisciplinarnu skupinu koja uklju\u010duju sveu\u010dili\u0161ta i javne znanstvene institute stoga je va\u017eno osigurati me\u0111usobnu komunikaciju partnera te razmjenu informacija. To \u0107e se posti\u0107i organiziranjem godi\u0161njih sastanaka s ciljem predstavljanja rezultata te rasprave o postizanju zadanih ciljeva.<\/p>\n

Ciljne skupine s kojima planiramo komunikaciju su: CS1 Akademska zajednica (znanstvenici, studenti), CS2 Obiteljska gospodarstva te poduzetnici u sektoru poljoprivrede, te CS3 Javnost.<\/p>\n

 <\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div>

(6) Uprava<\/strong><\/a><\/p>\n

Glavni su ciljevi sljede\u0107i:<\/p>\n

1. Koordinirati inicijative i aktivnosti izme\u0111u Radnih skupina u svrhu optimalne upotrebe postoje\u0107i istra\u017eiva\u010dkih kapaciteta izbjagavanja nepotrebnih tro\u0161kova,<\/p>\n

2. Omogu\u0107iti razmjenu ideja, informacija i saznanja izme\u0111u suradnika,<\/p>\n

3. Analizirati snage, slabosti, prilike i prijetnje (SWOT) postoje\u0107ih kapaciteta za fenotipizaciju i genotipizaciju.<\/p>\n<\/div>

<\/div><\/div><\/div><\/div><\/div><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-226","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/226","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=226"}],"version-history":[{"count":6,"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/226\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":590,"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/pages\/226\/revisions\/590"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/biodiv.iptpo.hr\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=226"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}